臺灣民間信仰之神祇，最興盛者莫過於「代天巡狩」之王爺公，祂與媽祖信仰並稱，俗諺有「三月瘋媽祖，四月王爺生」之說。但依據臺灣省民政廳於民國76﹙1987﹚年編製之《臺灣省各縣市寺廟名冊》所列，全臺主祀王爺之廟宇共有1330座（尚不含臺北、高雄兩直轄市），遠超過以媽祖為主祀之672座。而據調查研究，全臺寺廟所奉祀之主神類別超過二百四十種，其中土地伯公廟數量最多，故有「田頭田尾土地公」之形容。王爺廟則位居第二，遠超過其他奉祀大道公、關公或太子爺等眾所熟知之神祇寺廟。王爺信仰在臺灣之普遍與強勢，有句俗語說：「大仙的王爺公，細仙的王爺子」，說明「王爺」神像幾乎無所不在，「王爺公」似已成為臺灣神祇之代稱。
臺灣王爺廟供奉之王爺，其姓氏各有不同，據統計達一百三十餘姓以上，其中以李、池、吳、范、朱五姓最多，且常五位一體，稱「五府王爺」或「五府千歲」；若僅奉祀其中二、三位則稱「二王廟」或「三爺公」；若只奉單姓，則稱某姓王爺，其中又以「池」姓王爺最多，此外，亦有四位、五位、六位、七位、九位或十二位合祀者。另據調查，王爺廟之分佈，以澎湖、臺南地區沿海一帶最為稠密；嘉義、雲林、高雄、屏東等沿海地帶次之；彰化、臺中、新竹、桃園、臺北、宜蘭較少；南投、花蓮、臺東等地則相當罕見。
關於王爺信仰之起源，其身分、神格又如何？清代臺灣志書雖有記載，但多語焉不詳，致後人研究遭遇諸多困難。日人治臺之時，開始以社會學方法從事全臺寺廟之調查研究，主張王爺為瘟疫之神，此說以日本學者前島信次為代表。而史學家連橫，以漢人立場闡述王爺信仰，認為王爺乃指明末鄭成功父子三代而言。二次戰後，學界對於王爺之研究趨於宏觀，採較廣義且分類之方式進行多面向詮釋。今茲整理歷來各家之觀點，概述臺灣王爺之來由：
1、王爺為鄭成功父子孫三代
此說以連橫為代表，其《臺灣通史》卷二十二「宗教志、神教條」有詳細論述：『唯臺灣所祀之王爺，自都邑以至郊鄙，山陬海澨，廟宇巍峨，水旱必告，歲時必禱，尊為一方之神。田夫牧豎，靡敢瀆謾。而其廟或曰「王公」，或曰「大人」，或曰「千歲」，神像俱雄而毅。其出游也，則稱「代天巡狩」。而詰其姓名，莫有知之者。嗚乎！是果何神，而令臺人之崇祀至於此極耶？顧吾聞之故老，延平郡王入臺後，闢土田、興教養，存明朔、抗滿人，精忠大義，震曜古今。及亡，民間建祠以祀，而時已歸清，語多避忌，故閃爍其辭，而以「王爺」稱。比如花蕊夫人之祀其故君，而假為梓潼之神也。亡國之痛，可以見矣！其言「代天巡狩」者，以明室既滅，而王開府東都，禮樂征伐。代行天子之事。故王爺之廟，皆曰「代天府」，而尊之為「大人」，為「千歲」，未敢昌言之也。』部分歷史學者據此，認為臺灣王爺信仰之「代天巡狩」、「送王船」、「王醮」等習俗，乃臺人懷念鄭氏而演變成之儀式行為。而臺灣王爺廟之三老爺廟、二王廟及大人廟等廟宇，供奉主神即為鄭氏父子或子孫三代。
王爺信仰系統之一為鄭氏父子三代，此為鄭成功畫像
關於王爺即鄭氏三代之論點，其要項整理如下：
（1）、臺灣民間或政府基於崇功報德之心理，於鄭成功逝世後建廟祭祀，其廟稱「將軍廟」。至鄭經殂逝，鄭克塽拜表請諡成功為武王、經為文王，兩王合葬於永康洲仔尾，合祀兩人之廟稱「二王廟」。後鄭克臧亡，因其生前未襲王爵，民間俗稱其為太子，故其廟稱「太子廟」。合祀鄭氏祖孫三人之廟則稱「大人廟」或「三老爺廟」，此類廟宇以今台南縣市及澎湖地區最多。
（2）、「三老爺廟」之神像，臉色深褐者為鄭成功，赤紅者為鄭經，白色者為鄭克臧，其顏色合乎祖孫三人之背景，蓋鄭成功反清復明，凡事事必躬親，長年受海風烈日之吹薰，故臉色黝黑。鄭經掌政時，國事率由手下諸將籌劃執行，少受風雨日曬，故臉色紅潤。克臧則長居深宮，未親戎行，卒年僅十八，故膚色白皙。
（3）、臺灣民間之王爺廟，主祀者以池王爺、朱王爺、李王爺最常見。池王爺濃眉大眼，深棕膚色，有長鬚，應為鄭成功之化身。朱王爺臉色紅潤，應為鄭經之化身。李王爺年輕英武，臉上無鬚，應為鄭克臧之化身，民間傳說克臧為鄭經螟蛉子，原姓李。
（4）、關於王船之由來，乃因康熙39年（1700），清廷下令將鄭氏祖孫墳墓遷葬原籍福建南安，臺灣百姓無力阻撓，僅能以隆重牲禮祭祀，以表達不捨與思念；並有百姓駕小船隨鄭氏靈骨入海。其後，為緬懷鄭氏功德，乃造王船，設王爺像祭祀後奉送入海，並逐漸形成習俗。
（5）、在光緒元年（1875）清廷准沈葆楨之奏敕建鄭成功專祠之前，臺灣民間不能公開祭祀鄭氏，乃有所變通，即將「鄭」王爺改為「池」王爺，因閩南泉州地區之腔調，「鄭」、「池」兩字音同而韻異，「鄭王爺」與「池王爺」三字連唸，其音極為相似，此一奧妙，不懂閩南語之清吏可能無法理解。
（6）、臺灣氣候炎熱潮濕，被視為瘴癘之地，民間對瘟神相當敬畏，福州瘟神五帝信仰隨移民傳入臺灣，瘟神之祭典如瘟醮、送瘟船等儀式開始流行。紀念鄭氏之送「王船」活動得以依託在送「瘟船」之形式下進行。
（7）、王爺信仰由臺灣傳至閩南，經發展變化，再逆向傳播回臺灣。臺灣 王爺總廟南鯤鯓代天府，建於康熙元年（1662），最早稱鄭成功祠，臺灣歸清後始改稱王爺廟，其分靈廟宇遍及全臺及閩南。而臺灣西部沿海之王爺廟，不少是因海邊漂來王船而建廟；王船之來由，以泉州富美宮、廈門馬巷廳元威殿及金門等地放流者居多，該區域原為明鄭王朝活動勢力範圍。故送王船儀式與祭祀鄭氏祖孫之關係如何？深值探究。
上述之論，自有其言之成理之處，但臺灣王爺廟之王爺姓氏繁多，鄭氏三代系統，應僅臺灣王爺信仰之一支而已。
2、王爺為瘟神
謂瘟神之原始型態為死於瘟疫傳染病之厲鬼，因人鬼崇拜之觀念，厲鬼被天庭敕封為「王爺」並「代天巡狩」，成為管理、傳播瘟疫之神明。昔時民智未開，以為疫癘之流行乃是上天要懲罰人類之作惡，故對瘟神王爺心生敬畏而加以崇祀，每有瘟疫發生，則舉行建醮祭典，「賄賂」瘟神以祈求閤境平安，並建造「王船」將王爺流放大海或焚燒，俾能遠離瘟疫之威脅。而瘟神信仰隨著臺灣社會之發展，歷經不同階段之演化，由施瘟之神轉為逐疫驅瘟之神，再演變為護航之神、醫神，甚至成為保境安民之神或萬能之神。
清代送瘟船版畫中之瘟神。摘自劉枝萬「臺灣民間信仰論文集」。
「瘟神」王爺乃臺灣民間信仰中強而有力之一環。臺灣因僻處海外，開發較晚，早期被視為蠻煙瘴毒之域，志書云：「早夜東風盛發，及晡鬱熱，入夜寒涼，冷熱失宜。又水土多瘴，人民易染急病」即是。而移民拓墾之時，由於當時醫藥並不發達，各種瘟疫傳染病若發生，感染喪命者眾，在民風保守情況下，導致信鬼尚巫之習俗盛行，以為供奉瘟神、舉行驅逐疫癘之儀式可趨吉避凶。而中國古代之「瘟神」系統，學者將之分為三群：一為《三教源流搜神大全》所載之「五瘟神」。二為《封神演義中》，武王伐紂時，因行瘟助紂而被姜子牙所殺之呂岳等七人。三為採錄於江蘇如皋香山之五岳神，原為五位不第書生，因唐太宗欲試張天師法力而遭誤殺，歿後受封為神。臺灣之「瘟神」信仰，其原型與上述第三群「香山五岳神」性質較相近，但傳說迭經變易，故事情節呈現多樣。如：
（1）、秦始皇暴虐無道，曾焚書坑儒，時有三十六位儒生遭坑殺，地方百姓感念不已，乃尊為王爺奉祀。
（2）、唐玄宗欲試張天師法力，命三百六十進士匿於地窖作樂，再令張天師作法止樂。天師拔劍唸咒作斬妖狀，樂聲乃嘎然而止，待查看時進士們已悉數身亡，玄宗憐其冤喪，亦恐其化為厲鬼，遂封為王爺，令天下立祠祀之。
（3）、唐代有五書生進京赴考，途中夜宿旅店，無意間聽聞瘟神密商欲於井中下毒，傳播瘟疫，荼毒百姓。五書生決議自我犧牲，拯救無辜生靈，遂投井溺斃以示警，民眾恐懼，不敢飲用井水，故逃過劫難。玉帝憐憫之，乃封為王爺。
（4）、宋朝時，有福建朱、李、池、吳、范等姓五位進士，為奸佞所陷害， 枉死於窖中。爾後，民間祀為王爺。
（5）、明初三百六十進士聯袂乘船返鄉，不幸於福建沿海遇風翻覆，進士 悉數溺斃，其靈魂徘徊人間，無所歸依。朝廷憐憫之，乃封為王爺，通令各地建廟造神像奉祀之。
（6）、明初三百六十進士奉命宣揚國威，於渡海途中遇颶風翻覆，罹難後，天現祥雲，仙樂齊奏，進士英靈似已成佛成神。皇帝感念之，乃命造船，賜名「王船」，內奉諸進士之神位，及「遊縣吃縣，遊府吃府」之御旨，並將其流放大海。因此，王船所到之處，百姓均大肆祭拜。
（7）、明末五進士奉命織福建泉州府監考，時值當地瘟疫橫行，五進士竭力救治百姓黎民，卻不幸染病身亡。地方感念其恩澤，遂奉祀為王爺。
（8）、明末三百六十進士，因不願仕宦於清廷，乃自縊而亡。玉帝念其忠貞不二，敕封為王爺，授命視察人間善惡。
五瘟神版畫。摘自謝宗榮「臺灣的王爺廟」一書所引。
上述之傳說，可歸納為兩類：一為三百六十進士死於非命而成神者；另一為善士投井除瘟而成神者。其說雖雜揉古代歷史人物或事件，但若稍加分析考證，便知皆屬荒誕不經，昧於史實。瘟神王爺乃由傳說延代傳承演化而形塑，其內容以「死於非命」為基調，故其原始型態，乃為代天巡狩、獎善罰惡，會散播瘟疫懲罰民間之厲鬼，故廟宇所祀之神像多作威武或猙獰兇惡之狀，讓信眾感到恐怖，並心生畏懼。
3、王爺為歷史英靈
乃指「有功烈於民」之祀典諸神。因生前有功或有德，歿後被奉為神明，成神後又常顯靈，能保境安民，或有求必應，民間遂崇祀立廟。此類王爺因生前有功於斯土斯民，故列為神祇奉祀，若採廣義之界定，則鄭氏三代亦可包括在內。另如傳說提倡戲曲音樂有功之唐玄宗，被封為「西秦王爺」；而有功於某鄉某姓者，死後常因眾議、托夢或經乩童指示，予以雕塑金身供奉，也可視為此類王爺，舉例如開漳聖王、廣澤尊王或客籍之「義民爺」信仰等，皆可列入「英靈」王爺之中。而臺灣之王爺廟宇中，以中國歷史名人之英靈為主祀者，如謝府千歲指東晉名臣謝安，清王爺乃明初救駕有功之李文魁，蕭王爺乃漢初宰相蕭何等，其姓氏頗為繁複。
上述之三種王爺類型，大抵可涵蓋臺灣王爺廟之神祇性質。而眾多臺灣王爺廟之中，以瘟神王爺為主祀者居最多數，若依民間之傳說而論，其姓氏可多到三百六十姓，但以臺灣目前所見王爺廟所供奉，其王爺數最多為十二姓同祀，此乃如日治之時《臺灣慣習紀事》所載：「號稱王爺之瘟王即疫神，有三百六十神，然而舉行瘟疫祭時，悉造神位三百六十，則祭主不堪經費之浩繁，故僅祀其數神，相沿為例。」而臺灣王爺之實際姓氏，據調查約在一百三、四十姓左右，並未達三百六十姓之多。
除數姓同祀之王爺廟外，臺灣單一姓氏之王爺廟宇數量亦頗多，其中又以奉祀池姓王爺者最多。關於池王爺之身分，其傳說眾說紛紜，其姓名、生平事蹟、出生年代、籍貫皆有各種不同版本流傳。但整體而言，南臺灣之二王廟、大人廟等奉祀之池王爺，研究認為以鄭成功之化身較具說服力。至於屬於瘟神系統之池王爺，在臺灣之傳說至少十種以上，其成神之過程則大同小異，皆因「為百姓捨生取義，吞瘟藥往生」而成神。新豐紅毛港畔之池和宮，乃新竹、桃園一帶歷史最久之王爺廟，其主神池王爺，傳說是初唐時期，福建省滸州人氏，姓徐名春生，字夢彪，官拜都尉。據傳王爺任職知縣時，因地方百姓不敬神明、事親不孝、忤逆長上，因作惡多端而激怒上蒼，天庭欲予懲罰，故派使者攜帶毒藥，欲在百姓飲水之水源地下毒施瘟以為懲戒，適逢王爺得知此事，巧得使者毒藥而自服身亡，其臉色變黑、雙眼翻白，死狀悽慘。天庭使者感於知縣之捨身忘死，替生民百姓受罪，乃將實情呈稟玉皇大帝，帝感念其德，遂封為「代天巡狩」，掌理民間賞善罰惡事宜。凡間帝王亦緬懷其行，加封賜姓「池」。此為池和宮本宮池王爺之歷史來由。